Trò chơi sẽ bắt đầu vào năm 1545, tùy vào gia tộc đã chọn, người chơi sẽ có những lợi thế cũng như bất lợi riêng, trong đó một số gia tộc sẽ bị "đè bẹp" ngay từ đầu nếu bất cẩn. Một ví dụ nhỏ là Oda: bị bao vây bốn phía bởi nhiều gia tộc khác, Oda sẽ bị tiêu diệt ngay lượt đi thứ hai của bạn, không có bất kì cơ hội nào cho chàng Oda Nobunaga danh tiếng "xuất đầu lộ diện" trong lịch sử. Tuy nhiên, trò chơi cung cấp sẵn một thước đo đánh giá độ khó của phần chơi chiến dịch của từng gia tộc xuất hiện ngay khi bạn đọc những thông tin cơ bản về gia tộc mà mình định chọn.[4]

Với lối chơi kết hợp giữa chiến lược theo lượt và chiến lược thời gian thực, người chơi phải tính toán sao cho gia tộc của mình phát triển nhanh hết mức có thể. Các công tác đối nội thực sự không quá phức tạp, trong đó đáng chú ý nhất là chỉ số hạnh phúc của dân. Phụ thuộc vào nhiều thứ như sự sợ sệt hoặc kính nể của họ với lãnh chúa, lượng quân đội đóng trong thành, các đơn vị đặc biệt như Metsuke hay Thầy tu, sản lượng lương thực bạn chỉ có thể yên tâm chĩa vũ khí về phía kẻ thù một khi chỉ số này đủ cao để người dân không nổi loạn. Kế đến, người chơi chỉ cần phải chú ý đến những việc vặt vãnh như giữ cho các con đường thông thương luôn được nâng cấp tối đa, phân bố những công trình phụ đúng chỗ, chẳng hạn xây các nông trường cấp cao nhất ở những vùng đất màu mỡ, xây cảng biển gần các điểm buôn bán với nước ngoài.[5]

Tiền bạc có vai trò rất quan trọng, và có thể kiếm được bằng hai cách: từ thuế thu trong lãnh thổ, và từ giao thương với các gia tộc khác hoặc với nước ngoài. Cũng vì vậy, nếu bạn là một gia tộc hùng mạnh, bạn hoàn toàn có thể dùng các biện pháp ngoại giao gây áp lực buộc các gia tộc nhỏ phải ngừng buôn bán với đối thủ của mình, từ đó phá hủy nền kinh tế kẻ thù mở đường cho việc xâm lăng quân sự, hay chỉ đơn giản là kích động dân chúng nổi loạn, khiến quân đội làm phản để có được cuộc chiếm đóng ít hao binh tổn tướng nhất có thể. Người chơi còn có khả năng "kéo bè kết cánh" lập nên những liên minh quân sự, tăng cường sự bền vững của liên minh từ đơn giản như trực tiếp dùng tiền mua chuộc đến phức tạp như các hiệp ước thông thương, đám cưới chính trị, trao đổi con tin.[4]

Total War: Shogun 2 có một tính năng hết sức độc đáo: trong những trận đánh của phần chơi chiến dịch, nếu chán những đối thủ AI quá dễ dàng bắt bài, người chơi có thể tìm một người bạn để vào vai đối thủ. Chơi mạng cũng chính là cái hay nhất của mọi trò chơi chiến thuật, bởi thử thách thực sự không bao giờ đến từ những đối thủ máy được "gian lận" tài nguyên. Dù đánh nhau trên mặt nước hay trên bộ, những thao tác của một bộ não thực thụ luôn luôn linh hoạt và có chiều sâu hơn những bước đi của AI được lập trình sẵn, bởi trong cả dòng game Total War, AI chưa bao giờ là thứ xuất sắc nhất của trò chơi.[6]

Các gia tộc

• Oda — (Oda Nobunaga): Với thế mạnh tuyệt đối đến từ quân số, gồm toàn các Ashigaru chứ không phải Samurai như các Daimyo khác, nhà Oda luôn áp đảo quân địch mặc dù họ không hề thiện chiến. Trong thời kỳ mà số lượng có thể sử dụng làm lợi thế và tính hiệu quả thì rõ ràng những Ashigaru là vũ khí chết người của dòng họ Oda. Vì vậy nên chi phí động binh và dưỡng hộ của các đơn vị Túc khinh (ashigaru) cũng thấp hơn, rẻ hơn so với các gia tộc khác, và các kĩ năng chiến đấu của các đơn vị này cũng cao hơn.[7]
• Shimazu — (Shimazu Yoshihiro):Dòng họ Shimazu là một trong những dòng họ lâu đời và có danh tiếng nhất ở Nhật Bản. Quân đội nhà Shimazu nổi tiếng là có kỷ luật và được tổ chức tốt, và bản thân gia tộc cũng nổi tiếng về nghệ thuật kiếm đạo được xếp vào hạng giỏi nhất Nhật Bản. Thêm vào đó, vùng Hyuga giàu có với nhiều tài nguyên càng giúp cho nhà Shimazu thêm phần hùng mạnh. Kẻ thủ duy nhất là gia tộc Ito tại Hyuga và Osumi dám chống lại nhà Shimazu.[8]
• Mōri — (Mōri Motonari): Có khả năng hải chiến tốt. Có thể "đọc" được lời nói của những con sóng và nắm giữ bí quyết đóng tàu đặc biệt. Với tài nguyên sắt thép giàu có của Iwami cộng với tốc độ của chiến thuyền, con đường trở thành Shogun đang trở nên gần hơn bao giờ hết với Mori Motonari. Tham gia vào gia tộc này nghĩa là bạn có thể huy động thủy quân tinh nhuệ hơn nhiều với chi phí luyện quân và dưỡng hộ ít hơn các gia tộc khác.[9]
• Tokugawa — (Tokugawa Ieyasu): Tăng lợi thế về mặt ngoại giao. Dưới tay của nhà Tokugawa là đội ngũ Ninja phái Iga cực kỳ tinh nhuệ. Giảm phí tuyển mộ và dưỡng hộ cho các đơn vị Ninja. Có thể tuyển mộ các đơn vị Ninja Kisho siêu đẳng.[10]
• Takeda — (Takeda Shingen): Nhà Takeda nắm quyền hành toàn tỉnh Kai đã từ rất lâu (từ thế kỷ 12) nhưng chưa bao giờ họ được hưởng thái bình một cách thực sự. Những cuộc tranh giành quyền lực ngay trong chính gia tộc cộng với những cuộc chiến tranh liên miên với dòng họ Hojo và Imagawa. Tăng tinh thần chiến đấu cho tất cả các đơn vị kỵ binh mang cờ hiệu Takeda. Giảm chi phí tuyển mộ và dưỡng hộ cho các đơn vị kỵ binh. Có khả năng tuyển mộ các đơn vị kỵ binh cực mạnh và tinh nhuệ.[11]
• Uesugi — (Uesugi Kenshin): Tự nhận mình là hiện thân của chiến thần Bishamonten, cộng với đức tin tuyệt đối vào Đức phật, Tăng 2% khả năng thành công trong các hoạt động của sư sãi. Tăng thu nhập từ thương mại. Giảm chi phí tuyển mộ và dưỡng hộ của sư. Có thể tuyển mộ các chiến binh sư Warrior Monk tinh nhuệ.[12]
• Date — (Date Masamune): Các chiến binh gia tộc Date luôn cực kỳ tàn nhẫn và hung bạo. Họ gần như chỉ có một phương châm chiến lược đơn giản: tấn công làm trọng. Khả năng đột kích (Charge) được tăng cho toàn bộ quân đội, giảm chi phí tuyển mộ và dưỡng hộ cho các đơn vị No-dachi Samurai, có thể tuyển mộ những siêu chiến binh No-dachi.[13]
• Chōsokabe — (Chōsokabe Motochika): Mặc dù được dòng họ Ichijo giúp đỡ và bảo vệ trong công cuộc cướp lại lâu đài Oka, nhưng nhà Chosokabe có lòng tự tôn của riêng mình. Họ từ bỏ liên minh với Ichijo và tiến hành xây dựng lại gia tộc Chosokabe cùng ảnh hưởng lên khắp đất Nhật. Bản thân gia tộc này có nghệ thuật cung đạo (弓道 kyudo hay 弓術 kyujutsu) giỏi nhất Nhật Bản. Tăng thu nhập từ nông nghiệp, giảm chi phí tuyển mộ và dưỡng hộ cho toàn bộ các đơn vị cung thủ, có thể tuyển mộ các đơn vị cung thủ tinh nhuệ[14]
• Hōjō — (Hōjō Ujimasa): Thống trị vùng đồng bằng màu mỡ Kanto, nhà Hojo có lợi thế hơn hẳn các gia tộc khác do không chịu ảnh hưởng bởi nội chiến. Tuy vậy mối nguy từ nhà Imagawa và nhà Takeda vẫn luôn rình rập vì nếu muốn được tung hoành sang các vùng khác thì tỉnh Kanto lại chính là bàn đạp lý tưởng cho các cuộc mở rộng lãnh thổ. Giảm chi phí xây dựng và sửa chữa lâu đài, giảm chi phí xây dựng và dưỡng hộ các loại vũ khí công thành, có thể tuyển mộ và xây dựng các đơn vị công thành cực mạnh.[15]
• Hattori — (Hattori Hanzo): Nghệ thuật nhẫn giả Iga-ryu của phái Iga bao gồm võ thuật, kỹ năng ám sát và cả chiến thuật trên chiến trường. Dưới sự dẫn dắt của Hattori Yasunaga, nhà Hattori là những sát thủ làm việc theo "hợp đồng". Mặc dù không một ai dám đụng vào gia tộc nhà Hattori nhưng như thế không có nghĩa phái Iga có thể yên ổn. Phía Bắc vẫn còn đó trường phái Ninja vùng Omi. Các đơn vị ashigaru, sư sãi cho đến ninja đều được giảm chi phí tuyển mộ và dưỡng hộ, đặc biệt với khả năng chiến đấu cao cùng lực lượng ninja vô cùng tinh nhuệ.[16]
• Otomo

Gia tộc này vốn là một trong những gia tộc đầu tiên tiếp nhận đạo Cơ-đốc từ những thương nhân Bồ Đào Nha (cùng với gia tộc Tanegashima). Từ sau lần những người Bồ Đào Nha trở lại Nhật Bản với những mẫu súng Hỏa thằng Bồ Đào Nha mới nhất thì chính gia tộc này cũng đã dành sự ưu ái đặc biệt cho những người Bồ Đào Nha này. Các đơn vị lính đánh thuê Bồ Đào Nha, lính súng hỏa mai (gồm các Samurai theo Cơ-đốc giáo, các lính đánh thuê Nanban) được giảm chi phí tuyển mộ và dưỡng hộ cùng khả năng chiến đấu rất cao với những chiến thuật súng kinh người.

Chơi nối mạng

Người chơi có thể giao tiếp với nhau thông qua Steam, thậm chí gặp gỡ ngay trong chiến trường nhờ vào hệ thống drop out – drop in player. Ví dụ nếu người chơi đang chơi phần chơi đơn của chiến dịch và bắt đầu một trận đánh lớn, hẳn nhiên, máy tính chưa bao giờ là đối thủ của một người chơi có kinh nghiệm. Thế nhưng với hệ thống drop in, một người chơi bất kỳ đang online trên mạng Steam sẽ nhận được yêu cầu sử dụng quân đội của máy chống lại bạn. Đây là một tính năng đã có từ thời Napoleon: Total War nhưng chưa được đánh giá cao như phiên bản Shogun 2. Và thế là cuộc chiến đang từ người chơi vs AI biến thành người chơi và người chơi.[17]